说起“转基因”，人类已经使用“人工选择”通过对植物、家畜及宠物等物种的育种进行干预影响其基因达数千年之久。人工选择即育种时保留有所需理想性状的生物并培育繁殖，使某些特征可以持续的表现出来，表面结果可能是饱满的玉米、高产奶牛或无籽水果，深层原因则是生物的基因发生了变化。
然而，人工选择的方法是通过人为环境影响代替自然变异，并不能任意修改生物体的DNA，后者则是转基因真正干预的地方，假使人类对基因工程了如指掌，创造一种高产、健康、美味、营养丰富的作物或家畜便如同程序员编写代码一般简单。正如同代码在运行前存在未预料到的错误，人类目前对基因工程的了解也只能形容为入门阶段，相对来说，转基因像一种“魔法”，也像“潘多拉魔盒”。
此外，基因工程是人类科学上的重大研究，在未经长期安全性验证的情况下，如抗虫抗病的转基因食品对人类遗传方面是否存在影响，对生殖及其他人体机理是否存在影响存疑的情况下确实应暂缓推向市场。另一方面，转基因物种对生态的影响更加明显，转基因作物往往生长周期更短、繁殖更快、环境适应性更强，易造成类同“生物入侵”的现象致使生态失衡，或致使农民拒绝生产当地缺乏竞争力的相关作物，这也是欧盟只允进口不许引进的原因之一。
目前，许多专家学者对增加产量、提高品质方面的转基因行为持赞同态度，但对抗虫害等转基因行为保持观望，因为后者往往来自一种毒蛋白基因，成熟植株会合成微量毒蛋白，达成杀虫的目的。而要达到这一效果，植株的可食用部分或将达到使用传统农药后表面残留浓度，无法通过清洗去除毒蛋白。因此，此类转基因作物，即使不直接食用也会通过食物链累积进入人类食谱。但同样有专家表示，生物杀虫机理与化学机理不同，往往“一把钥匙开一把锁”，如抗虫性来源于微生物的Bt蛋白，人类体内没有Bt蛋白的受体，则该蛋白对人类无害。
过敏原“传播”是人们对转基因食品的另一疑虑，人们担心存在于少量食物中的引发过敏反应的蛋白质，在基因工程中因为“生存优势”或“意外”大量出现在转基因食品中。根据《新英格兰医学杂志》报道，90年代中期，研究人员对含有巴西坚果蛋白质基因的转基因大豆进行了实验，证明可以引起巴西坚果过敏患者的过敏反应，这种大豆也因此未能进入市场。
疾病控制预防中心数据显示，食物过敏每年都在增加，但哈佛大学的一项研究发现，没有证据表明转基因食品比非转基因食品更易引发过敏反应。此外，根据联合国粮农组织和世界卫生组织此后制定的转基因食品协议，任何一种转基因食品都需经过过敏反应力测试，而梅奥医学中心的数据显示，目前流通于市场的转基因食品都不含已发现的过敏原。
不同转基因生物，包括以不同方式插入不同的基因，产生的结果和潜在影响可能都不同，对于转基因食品的安全性要具体分析评估，无法就所有转基因食品的安全性统一判断。因此，目前科学界的看法也并不一致，人们可以根据自身需要选择食用。需要指出的是，在国际市场上销售的转基因食品均通过了安全评估，且经大众消费使用较长时间，存在健康风险的可能性较低。
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