三体组织由她建立后，在外星人的授诣下对基础科学家进行迫害，一些科学家因为信仰坍塌而自杀，其中包括她亲生女儿杨冬。
与此同时，三体组织内部分化为“拯救派”和“降临派”，派系之间的斗争日趋激烈，并酿成惨剧。
以日籍华裔科学家申玉菲为代表的“拯救派”把外星文明当神崇拜，希望通过天才解开三体之谜以解救半人马星座文明。
以伊文斯、潘寒为代表的“降临派”则彻底对人类失去信心，他们要借助外星力量毁灭人类。
潘寒亲手开枪杀死了申玉菲，叶文洁则下令处死了潘寒。
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